河流型与沼泽型水牛FSHR基因密码子偏好性分析

作     者：周芳廷 张永云 钱林东 李卫真 袁峰 滕晓红 苗永旺 ZHOU Fangting;ZHANG Yongyun;QIAN Lindong;LI Weizhen;YUAN Feng;TENG Xiaohong;MIAO Yongwang

作者机构：云南农业大学动物科学技术学院 云南农业大学农科专业基础实验教学示范中心 云南农业职业技术学院农业与生物技术学院 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2018年第3期

页      面：28-34页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31460582 31760659 31460649) 云南省应用基础研究重点项目(2014FA032 2007C0003Z) 

主　　题：河流型水牛 沼泽型水牛 促卵泡素受体(FSHR)基因 密码子偏好性 RSCU 聚类分析 

摘      要：为了确定河流型与沼泽型水牛促卵泡素受体(FSHR)基因密码子的使用模式,试验采用PCR产物直接测序法对9头河流型水牛、15头沼泽型水牛、6头大额牛和6头中甸牦牛的FSHR基因编码区序列进行了群体变异检测和单倍型划分,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊、绵羊、人和黑猩猩的同源序列,对河流型与沼泽型水牛FSHR基因密码子使用的偏好性及与其他物种的差异进行了探讨。结果表明:两类水牛FSHR基因的密码子使用特征较为相似,河流型与沼泽型水牛分别有28个和27个偏好使用的密码子,对于编码Pro的4个密码子CCC、CCA、CCU和CCG而言,河流型水牛偏好使用CCC和CCA,而沼泽型水牛偏好使用CCC。水牛与其他物种共同偏好使用的密码子有20种,均偏好使用以G/C结尾的密码子。基于密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)构建的聚类树显示河流型水牛与沼泽型水牛先聚为一类,再与大额牛、牦牛聚为一类,普通牛与山羊、绵羊和野牛聚为一类,人和黑猩猩聚为一类,揭示聚为一类的物种间在密码子使用上的偏好性较相似。