柱型苹果MdCoLBD1/2基因生物信息学及SNP分析

作     者：姜仁珍 刘政礼 周亚平 侯鸿敏 祝军 戴洪义 张玉刚 JIANG Renzhen;LIU Zhengli;ZHOU Yaping;HOU Hongmin;ZHU Jun;DAI Hongyi;ZHANG Yugang

作者机构：青岛农业大学园艺学院青岛266109 荣成市人和镇政府荣成264306 青岛市园艺植物遗传改良与育种重点实验室青岛266109 

出 版 物：《青岛农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Qingdao Agricultural University(Natural Science))

年 卷 期：2017年第34卷第2期

页      面：100-106页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家自然基金(31372032) 国家现代苹果产业技术体系(CARS-28) 山东省良种产业化工程和‘泰山学者’建设工程与青岛市民生科技计划项目(15-9-2-99-nsh) 

主　　题：柱型苹果 LOB结构域 Md CoLBD1/2基因 单核苷酸多态性 

摘      要：柱型苹果(Columnar apple)是苹果株型育种的珍贵资源。利用同源基因克隆方法,以柱型苹果‘威塞克旭’一年生枝上休眠期芽cDNA为模板,克隆得到了LOB DOMAIN家族(LBD)的2个同源基因,命名为MdCoLBD1/2,分别编码195和240个氨基酸。该基因有LBD家族的典型结构域,如C盒、GAS盒、亮氨酸拉链(Leu zipper)结构以及LOB Domain区域等。MdCoLBD1/2分别定位于第10条染色体Chr10:18985568..19005801和MdCoLBD2Chr10:18985594..19005850区间。MdCoLBD1/2与白梨、葡萄、草莓、椰子、梅、核桃的氨基酸的相似性均在60%以上。聚类分析表明MdCoLBD1和白梨、梅、草莓亲缘关系较近,MdCoLBD2与葡萄、核桃亲缘关系较近,MdCoLBD1/2与亚洲棉、陆地棉的聚类关系均较远。通过测序分析了MdCoLBD1/2基因在30个不同类型材料中的碱基序列差异,得到MdCoLBD1有8个碱基差异位点,MdCoLBD2有5个碱基差异位点。