比较基因组分析斯氏假单胞菌遗传多样性及固氮基因岛进化机制

作     者：李向阳 汤宏 张国辉 

作者机构：凯里学院环境与生命科学学院贵州凯里556011 复旦大学环境科学与工程系上海杨浦200433 

出 版 物：《江苏农业科学》 (Jiangsu Agricultural Sciences)

年 卷 期：2017年第45卷第1期

页      面：33-38页

学科分类：09[农学] 0903[农学-农业资源与环境] 

基　　金：国家自然科学基金(编号:21507012) 中国博士后科学基金(编号:黔教合KY字395) 贵州省教育厅自然科学研究项目[重点项目][(编号:KY2015395) 凯里学院博士专项基金(编号:BS201412) 

主　　题：斯氏假单胞菌 固氮基因岛 比较基因组 基因组变异型 多样性 

摘      要：对5株固氮与11株非固氮斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)基因组开展综合比较分析,从基因组水平上研究斯氏假单胞菌种内遗传多样性及其固氮基因岛进化机制。核心与元基因组分析发现,16个斯氏假单胞菌拥有的独特基因数占元基因数的46.37%;基于平均核苷酸相似度分析,这16个菌株被划分为11种不同的基因组变异型,表明斯氏假单胞菌基因组异质化程度高。固氮基因岛及进化树分析表明,5株固氮菌属于3种不同基因组变异型,它们的固氮基因岛及其侧翼序列保守性好,而且固氮酶基因进化树与菌株谱系进化树呈现高度一致性。据此推测,斯氏假单胞菌祖先可能通过水平基因转移的方式获得固氮基因岛,从而转变为固氮菌,但是在后期进化过程中,绝大部分固氮菌株丢失了固氮基因岛。