基于离散型地理信息的H7N9流感病毒动态时空传播模式

作     者：王美霞 袁满琼 方亚 Wang Meixia;Yuan Manqiong;Fang Ya

作者机构：厦门大学公共卫生学院361002 福建省高校卫生技术评估重点实验室厦门361002 

出 版 物：《中华流行病学杂志》 (Chinese Journal of Epidemiology)

年 卷 期：2016年第37卷第11期

页      面：1491-1496页

核心收录：

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1002[医学-临床医学] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金（81402768） 

主　　题：禽流感病毒H7N9 离散型地理信息 时空传播 

摘      要：目的 基于离散型的地理信息构建了H7N9病毒时空动态传播模式图，探索H7N9病毒的空间传播路径。方法 选取全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）中中国以人类为宿主的H7N9流感病毒血凝素（HA）和神经酰胺酶（NA）基因序列，利用BioEdit 7.0软件进行多序列比对。在贝叶斯理论框架下，运用BEAST 1.8.2软件构建H7N9时空传播模型，采用symmetric substitution model和贝叶斯随机搜索变量选择（BBSVS）方法，对H7N9的历史传播轨迹进行推断和检验。以Google Earth软件展现H7N9病毒的时空传播动态图。结果 感染人类的H7N9病毒起源于上海或杭州，最早可追溯到2012年10月。并在2013年3、4月份开始传向邻近省份，同年8、9月份传播加剧，3个月内传向10余处地区。结论 基于基因核苷酸序列和空间地理信息，追踪了H7N9病毒历史传播轨迹，为早期流感疫情的防控及病毒的溯源提供线索。