家畜全基因组关联分析中的贝叶斯方法

作     者：梅步俊 王志华 MEI Bujun;WANG Zhihua

作者机构：河套学院农学系内蒙古巴彦淖尔015000 爱荷华州立大学动物科学系爱荷华州埃姆斯50010 河套学院土木工程系内蒙古巴彦淖尔015000 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2016年第11期

页      面：38-44,293页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31460594) 国家留学基金委项目(201308155140) 河套学院教学研究项目(HTXYJZ14005) 

主　　题：贝叶斯多元回归 全基因组关联分析 多重比较 动物育种 计算生物学 

摘      要：为了研究贝叶斯统计在家畜全基因组关联分析(GWAS)中的应用,试验采用了贝叶斯多元回归(BMR)方法,主要讨论其理论基础、处理SNPs间局部高相关性和后验Ⅰ型错误率(PER)在控制GWAS中假阳性(FP)问题中的应用,并基于模拟数据来比较该方法的性质。结果表明:1)即使预测变量间存在由连锁不平衡(LD)导致的潜在相关性,BMR也可以成功地应用在全基因组预测问题中;2)在真阳性检测和低假阳性方面,本方法仍然具有较为优良的性质。说明贝叶斯多元回归方法可以得到优良的推断结果,但是QTL加性效应估计值可能出现与模拟数据真值正负号相反的情况。