再测序DNA微阵列的等长变覆盖探针设计方法

作     者：谢建明 方辉 胡弘 陆祖宏 孙啸 

作者机构：东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室南京210096 

出 版 物：《东南大学学报（自然科学版）》 (Journal of Southeast University：Natural Science Edition)

年 卷 期：2004年第34卷第2期

页      面：215-218页

核心收录：

学科分类：0810[工学-信息与通信工程] 08[工学] 081203[工学-计算机应用技术] 0805[工学-材料科学与工程（可授工学、理学学位）] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目 ( 699710 10 ) 江苏省自然科学基金资助项目 (BK2 0 0 2 0 5 7) 

主　　题：探针设计 再测序DNA微阵列 等长变覆盖法 遗传算法 

摘      要：针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计 ,提出了 2种等长变覆盖的方法 :①基于Tm距离的探针优化方法 ,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm 距离的探针 ;②应用遗传算法 ,将候选探针集编码为染色体 ,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到最大适应度的探针集 .这 2种方法 ,都能在探针长度相等的情况下 ,通过改变相邻探针之间的覆盖度使探针的Tm 值尽可能保持一致 .实验结果表明 :等长变覆盖法得到的探针集整体优于等长移位法和变长变覆盖法的结果 ,具有更好的杂交条件一致性 .