不同检索工具检索垂柳Unigene序列SSR位点的效率比较

作     者：何旭东 郑纪伟 何开跃 王保松 He Xudong;Zheng Jiwei;He Kaiyue;Wang Baosong

作者机构：江苏省林业科学研究院南京211153 南京林业大学森林环境与资源学院南京210037 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2015年第13卷第1期

页      面：197-204页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：江苏省自然科学基金(BK2011871) 国家自然科学基金(31300556)共同资助 

主　　题：微卫星 微卫星位点 检索工具 柳树 

摘      要：在SSR标记开发中,合适的位点检索工具是获取位点信息、保障位点准确度及提高开发效率的关键。本研究选取了国内外文献中常用的11种基于Windows系统或在线形式的检索工具对垂柳Unigene序列进行SSR位点检索,比较了不同检索工具的参数设置、使用方式、数据录入量、运行时间、位点统计信息量及位点准确度。经综合对比,检索工具MISA位点检出率及准确度最高,结果统计信息最为丰富;检索工具SSR Locator位点检出率比MISA略低,但操作相对简单,运行时间短,且能对候选位点进行引物设计并模拟PCR反应。因此,推荐MISA和SSR Locator为微卫星位点检索的首选工具。