荔枝霜疫霉巢式PCR和LAMP检测方法的建立

作     者：李本金 刘裴清 刘小丽 黄宏臻 翁启勇 陈庆河 LI Ben-Jin;LIU Pei-Qing;LIU Xiao-Li;HUANG Hong-Zhen;WENG Qi-Yong;CHEN Qing-He

作者机构：福建省农业科学院植物保护研究所/福建省农作物害虫监测与综合治理重点实验室 福建农林大学闽台特色作物病虫生态防控协同创新中心 

出 版 物：《农业生物技术学报》 (Journal of Agricultural Biotechnology)

年 卷 期：2016年第24卷第6期

页      面：919-927页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：福建省属公益类科研院所专项(No.2016R1023-1) 福建省自然科学基金(No.2014J01109) 福建省农业科学院博士科研启动基金(No.2012DBS-2) 

主　　题：荔枝霜疫霉 三磷酸鸟苷(GTP)结合蛋白基因(Ypt1) 巢式PCR 环介导等温扩增技术(LAMP) 分子检测 

摘      要：由荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii)引起的荔枝霜疫霉病是荔枝(Litchi chinensis)生产上的重要病害,建立霜疫霉快速准确检测方法,对于该病的早期诊断和及时防控至关重要。本研究以荔枝霜疫霉三磷酸鸟苷(GTP)结合蛋白基因(GTP-binding protein gene,Ypt1)为靶序列,设计特异性引物,建立了巢式PCR和环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种检测方法,并进行特异性和灵敏度验证。特异性检测表明,只有不同来源的21个荔枝霜疫霉菌株经PCR扩增获得249 bp的特异性条带,同时,在钙黄绿素指示剂的作用下,LAMP检测显示绿色,且扩增产物用2.0%琼脂糖凝胶电泳出现特有的梯形条带,而其他13种不同卵菌近缘种及8种常见病原真菌42个菌株均未观察到这些现象。灵敏度检测显示,将特异引物Pv YF1/Pv YR1与疫霉属Ypt1通用引物Yph1F/Yph2R进行巢式PCR扩增后,其检测灵敏度在DNA水平上可达100 fg/25μL,较常规PCR提高1 000倍,而LAMP方法检测灵敏度是巢式PCR的10倍。本研究分别采用常规PCR、巢式PCR和LAMP方法对采集自福建省荔枝霜疫霉病典型症状及可疑症状的荔枝叶片或果实进行检测,并用传统分离方法进行验证。结果表明,在漳州采集的30份样品中,常规PCR、巢式PCR和LAMP方法的阳性检出率分别为17/22(77.3%)、20/22(90.9%)和21/22(95.5%);在莆田采集的25份样品中,常规PCR、巢式PCR和LAMP方法的阳性检出率分别为15/17(88.2%)、16/17(94.1%)、17/17(100%)。可见LAMP方法明显提高了检测效率,并且具有检测程序便捷,所需设备简单和肉眼能判断结果的优势,适合基层部门及田间荔枝霜疫霉快速检测。