使用稳态系统和粒群优化算法进行基因调控网络推断

作     者：应文豪 王士同 YING Wenhao;WANG Shitong

作者机构：江南大学信息工程学院江苏无锡214122 常熟理工学院计算机科学与工程学院江苏常熟215500 

出 版 物：《计算机应用与软件》 (Computer Applications and Software)

年 卷 期：2009年第26卷第3期

页      面：210-213页

学科分类：12[管理学] 07[理学] 08[工学] 071009[理学-细胞生物学] 09[农学] 090102[农学-作物遗传育种] 0710[理学-生物学] 1201[管理学-管理科学与工程(可授管理学、工学学位)] 081104[工学-模式识别与智能系统] 0835[工学-软件工程] 0901[农学-作物学] 0811[工学-控制科学与工程] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

主　　题：稳态系统 基因调控网络 粒群优化算法 

摘      要：基因调控网络模型试图从海量的时序基因表达数据中研究基因的功能,推断基因之间的调控关系,从而揭示复杂的病理现象和生命现象。通过利用时序基因表达数据来推断一个基于稳态系统(S-system)模型的基因网络,提出使用粒群优化算法(PSO)来优化模型参数,从而捕捉基因表达数据中的动力学特性。实验结果表明,该方法能够使模型参数快速得到收敛,配置参数后模型仿真能力好,可以较好地识别基因调控关系。