Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析

作     者：黄鹤 芦现杰 胡海峰 Huang He;Lu Xian-jie;Hu Hai-feng

作者机构：中国医药工业研究总院上海医药工业研究院上海200040 中国科学院上海生命科学院上海200032 

出 版 物：《中国抗生素杂志》 (Chinese Journal of Antibiotics)

年 卷 期：2015年第40卷第3期

页      面：171-177页

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 07[理学] 071008[理学-发育生物学] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金："十二五"重大仪器专项(2011YQ15007208) 上海市科技攻关(12431901102) 国药集团基金支持 

主　　题：Actinoplanes sp.N902-109 基因组测序 雷帕霉素 生物合成基因簇 

摘      要：Actinoplanes sp.N902-109是继吸水链霉菌ATCC292953后分离的第二株能够产生雷帕霉素的放线菌。采用Roche 454GS FLX测序技术和Sanger法PCR测序技术,我们首次完成了Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定。Actinoplanes sp.N902-109基因组为环状,长度为9228054bp,GC含量71.3%,编码8212个蛋白,其中5460个编码蛋白被注释有明确的生物学功能。应用Anti SMASH和NRPS predictor软件预测基因组中存在22个次级代谢生物合成基因簇,包含首次鉴定的完整的游动放线菌来源雷帕霉素生物合成基因簇。利用Mummer和Mauve软件对N902-109和已公布的游动放线菌属Actinoplanes SE50/11 0和Actinoplanes missouriensis 431两株菌株全基因组进行比较分析。通过Actinoplanes sp.N902-109基因注释和比较基因组学分析,在全基因组水平上了解Actinoplanes sp.N902-109的遗传物质基础,为开展Actinoplanes sp.N902-109的代谢调控研究和遗传重组改造奠定基础。