宁夏部分地区野鸟携带病毒的宏基因组分析

作     者：于春微 施建忠 王靖飞 YU Chun-wei;SHI Jian-zhong;WANG Jing-fei

作者机构：东北农业大学动物医学学院黑龙江哈尔滨150030 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室黑龙江哈尔滨150001 

出 版 物：《中国预防兽医学报》 (Chinese Journal of Preventive Veterinary Medicine)

年 卷 期：2016年第38卷第6期

页      面：443-447页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家科技重大专项子课题(2012ZX10004214-001-004) 

主　　题：病毒宏基因组 野鸟 高通量测序 

摘      要：为了解宁夏野鸟携带病毒的自然本底和多样性,发现潜在感染人或畜禽的病毒,本研究利用病毒宏基因组学技术对在宁夏石嘴山市、中宁市和青铜峡市采集的14种119只野鸟粪便样品进行了分析。提取全部样品核酸,经随机引物扩增后进行Illumina高通量测序,利用SOAPdenove软件将获得的32 385 000个读长(reads)拼接成163 192个重叠序列(Contig),再与NCBI病毒数据库中的序列进行比对,分析样本中病毒的种类及丰度。通过序列注释分析显示,0.4%重叠序列与病毒相关,能够进一步注释到19个病毒科,其中63%的病毒序列为噬菌体,33%的为脊椎动物病毒,3%的为昆虫病毒,1%的为植物病毒,在注释到的脊椎动物病毒中包含有禽流感病毒、札幌病毒等人畜共患性病毒。本研究结果丰富了野鸟携带病毒的基础数据资源,同时提示宁夏地区野鸟存在传播一些重要人兽共患病的潜在风险。