单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析IgA肾病关键基因的调控作用

作     者：邱敏华 蒋鹏 陈继冰 张婷 高宏君 QIU Minhua;JIANG Peng;CHEN Jibing;ZHANG Ting;GAO Hongjun

作者机构：广西中医药大学研究生院广西南宁530001 广西中医药大学附属瑞康医院器官移植科广西南宁530011 广西中医药大学附属瑞康医院临床转化医学中心广西南宁530011 

出 版 物：《中国现代医生》 (China Modern Doctor)

年 卷 期：2024年第62卷第35期

页      面：6-10,16页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100210[医学-外科学(含：普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤、野战外)] 10[医学] 

基　　金：广西壮族自治区中医药高水平重点学科建设试点项目(中西医结合基础15) 广西壮族自治区中西医结合肾病临床医学研究中心项目(桂科AD22035122) 细胞与组织工程临床研究高层次人才培养创新团队项目(04B24008B8) 

主　　题：单细胞RNA测序 孟德尔随机化 IgA肾病 关键基因 慢性肾病 

摘      要：目的探讨IgA肾病(IgAnephropathy,IgAN)中重点细胞类型的基因表达及关键基因ADI1、BNIP3L、SERPINE2对IgAN发生、发展的调控作用。方法采用基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)和eQTLGen联盟数据库,通过孟德尔随机化(mendelian randomization,MR)和单细胞RNA测序(single-cell gene expression,scRNA-seq),探讨IgAN的关键细胞类型及ADI1、BNIP3L、SERPINE2与IgAN间的因果关系。使用Seurat软件包读取表达谱并筛选低表达基因,通过差异基因表达分析筛选TOP100高表达基因,采用敏感性分析和异质性检验选择显著的基因结果。最后,通过重要基因的调控网络分析和微小核糖核酸(microRNA,miRNA)网络构建对MR结果进行验证。结果ADI1(OR=0.946,95%CI:0.900~0.994,P=0.029)、BNIP3L(OR=0.820,95%CI:0.707~0.950,P=0.008)、SERPINE2(OR=0.958,95%CI:0.919~0.999,P=0.045)可能与IgAN风险降低相关。KLF6(OR=1.318,95%CI:1.036~1.678,P=0.025)与IgAN的风险升高相关。结论揭示包括近端肾小管细胞在内的18种关键细胞类型的基因特征,确定ADI1、BNIP3L、SERPINE2与IgAN发生、发展的调控作用密切相关。