卵萼花锚STR基因家族的生物信息学分析

作     者：杨安琪 尹欣 孙旭东 周知里 杨永平 段元文 YANG Anqi;YIN Xin;SUN Xudong;ZHOU Zhili;YANG Yongping;DUAN Yuanwen

作者机构：中国科学院昆明植物研究所/西南野生生物种质资源库云南昆明650201 中国科学院大学研究生院北京100049 青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室青海西宁810008 

出 版 物：《云南农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Yunnan Agricultural University:Natural Science)

年 卷 期：2024年第39卷第5期

页      面：65-73页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(32371586,32102429) 青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室开放课题 

主　　题：卵萼花锚 异胡豆苷合成酶 基因结构 基因共线性 生物信息学 

摘      要：【目的】对卵萼花锚(Halenia elliptica)的异胡豆苷合成酶(strictosidine synthase,STR)基因家族成员进行鉴定和生物信息学分析,为进一步研究卵萼花锚STR家族基因的功能奠定基础。【方法】基于卵萼花锚基因组数据,采用生物信息学方法鉴定STR基因,分析其家族的进化关系、理化性质、基因结构和蛋白质保守基序,并与大花花锚(***)、花锚(***)、四数獐牙菜(Sinoswertia tetraptera)和达乌里秦艽(Gentiana dahurica)的STR基因进行比较。【结果】卵萼花锚STR基因家族共有10个成员,基因数量与其他龙胆科物种相似。卵萼花锚STR基因与大花花锚具有较高的同源性,将所有HeSTR基因分为6组,同一组成员具有相似的基因结构和蛋白保守基序。HeSTR蛋白的氨基酸数量介于189~388个之间,除HeSTR14.1外,其他均为亲水蛋白。HeSTR基因的外显子数量为3或4个。卵萼花锚STR基因家族成员与四数獐牙菜、花锚和大花花锚的共线性较高。【结论】研究结果为深入探究STR基因功能及进一步解析卵萼花锚单帖吲哚生物碱龙胆苦苷的合成途径提供了理论依据。