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微小杆菌冷激蛋白(CSP)基因密码子偏好性分析

Analysis of codon use features of cold shock protein(CSP)gene in Exobacterium profundaum

作     者:钟迎兰 罗希帆 杜锦 陈帅君 黄海东 吴疆 Zhong Yinglan;Luo Xifan;Du Jin;Chen Shuaijun;Huang Haidong;Wu Jiang

作者机构:天津农学院农学与资源环境学院天津300392 

出 版 物:《天津农学院学报》 (Journal of Tianjin Agricultural University)

年 卷 期:2024年第31卷第5期

页      面:1-10页

学科分类:0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 07[理学] 071005[理学-微生物学] 10[医学] 

基  金:天津市优秀企业科技特派员项目(22YDTPJC00960) 

主  题:微小杆菌 CSP基因 密码子偏好性 异源表达 外源宿主 

摘      要:对微小杆菌(Exobacterium profundaum)冷激蛋白(CSP)基因(EpCSP)密码子偏好性进行分析,为后续EpCSP基因的功能验证及遗传转化等研究提供理论依据。结果表明:EpCSP基因的密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;比较分析不同物种CSP基因的密码子偏好性参数发现,大多数物种CSP基因密码子偏好使用G/C结尾的密码子;21个物种CSP基因的CDS序列及RSCU值聚类分析表明,微小杆菌与另外20个不同物种CSP基因密码子使用偏好性存在一定差异;中性分析、PR2-plot分析、ENc-plot等都证实了自然选择是影响CSP基因密码子偏好性形成的最主要原因;与7种模式生物的基因组密码子使用频率对比研究表明,在筛选异源转化受体时,作为真核表达系统的酿酒酵母比作为原核表达系统的大肠杆菌更利于EpCSP基因异源表达,而在选择植物遗传转化受体时,拟南芥和小麦比烟草和水稻更适合作为EpCSP基因的遗传转化受体。本研究初步探索了EpCSP基因密码子使用偏好性,对以后开展基因功能验证有重要的指导作用,同时也可为研究微小杆菌分子进化提供一定的理论基础。

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