鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析

作     者：谭照君 张天奇 鲁翠云 李超 孙效文 TAN Zhao-jun;ZHANG Tian-qi;LU Cui-yun;LI Chao;SUN Xiao-wen

作者机构：大连海洋大学生命科学与技术学院辽宁大连116023 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所黑龙江哈尔滨150070 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 

出 版 物：《上海海洋大学学报》 (Journal of Shanghai Ocean University)

年 卷 期：2011年第20卷第3期

页      面：328-335页

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家973重大基础研究发展计划(2004CB117405) 

主　　题：鲢 微卫星 三核苷酸和四核苷酸重复序列 

摘      要：通过磁珠富集法筛选鲢（Hypophthalmichtys molitrix）的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针（TGA）8、（CAG）8以及（AGAT）6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌（Escherichia coli）DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个（59.64%）,非完美型28个（10%）,混合型85个（30.36%）。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。研究亮点：首次利用多碱基（三、四核苷酸重复）探针筛选出微卫星分子标记结合同位素探针进行两次筛选,是开发鲢微卫星分子标记过程中新的尝试与探索。在与其他利用二碱基核苷酸重复探针开发的鲢微卫星分子标记的对比中发现,四核苷酸重复的微卫星比二、三核苷酸重复微卫星具有更高的筛选效率和多态性。