谷子COBRA家族成员的全基因组鉴定及表达模式分析

作     者：任昂彦 陈环宇 王根平 施洋 陆镇威 陈涛 李晓莎 潘宗瑾 戚永奎 杨华 

作者机构：江苏省农业科学院江苏沿海地区农业科学研究所 河北省农林科学院谷子研究所 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第23期

页      面：7669-7677页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(20)3138) 河北省三三三人才资助项目(A202103001) 江苏省盐土生物资源研究重点实验室开放课题(JKLBS2020006) 国家重点研发项目(2019YFD1001700)共同资助 

主　　题：谷子 COBRA 纤维素 基因家族 生物信息学 

摘      要：谷子(Setaria italica L.)是富含蛋白质、纤维素的主要杂粮作物之一。为了解析谷子中参与纤维素沉积和细胞扩张的COBRA家族，利用生物信息学分析手段对谷子进行全基因组鉴定和分析。结果表明，在谷子中共鉴定出9个COBRA家族成员(其中SiCOBL9序列不完整)，可分为两个亚家族，来自同一亚家族的成员理化特性、序列保守性和基因结构相似，COBRA家族编码基因主要分布在染色体的两端，系统发育树分析显示谷子COBRA蛋白与禾本科玉米最为相似，并且所有成员都具有COBRA蛋白所具备的CCVS保守结构和糖基化修饰位点等。组织表达模式分析结果表明，基因的表达存在组织差异性，其中SiCOBL6在所选组织中表达量均较高，在所选组织中未发现特异表达的基因。