基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析

作     者：张震 许彦明 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 Zhang Zhen;Xu Yanming;Peng Yinghe;Wang Rui;Chen Yongzhong;He Zhilong;Zhang Ying;Xun Chengfeng;Ma Yushen;Wang Xiangnan;Long Ling;Yang Xiaohu

作者机构：湖南省林业科学院湖南长沙410004 国家油茶工程技术研究中心湖南长沙410004 

出 版 物：《绿色科技》 (Journal of Green Science and Technology)

年 卷 期：2024年第26卷第18期

页      面：200-204页

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：湖南省重点领域研发计划(编号:2023NK2005) 湖南省油茶产业科研示范项目(编号:2023LYCY0017) 湖南省林业科技创新资金项目(编号:XLKY202206) 

主　　题：油茶 转录组测序 SSR SNP InDel 

摘      要：基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。