3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

作     者：杨红 孙鹃 裘贵华 宋汝谋 杨开明 朱明贵 李俊 张勇 

作者机构：贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001 安顺市畜牧技术推广站贵州安顺561000 普定县畜禽品种改良站贵州普定562100 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2014年第41卷第12期

页      面：209-214页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：贵州省农业动植物育种专项项目<高脚鸡配套系选育及推广应用>(黔农育专字10号) 浙江大学2012年基本科研业务费专项资金课题<贵州畜禽遗传资源库平台建设>(2012XZZX003-1) 

主　　题：贵州地方鸡种 NKX2-5基因 SNPs 生物信息学 

摘      要：以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区。T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。