构建乳腺癌G-四链体相关基因的预后模型

作     者：李俊 魏蕾 张京伟 LI Jun;WEI Lei;ZHANG Jingwei

作者机构：武汉大学中南医院甲乳外科 武汉大学泰康医学院(基础医学院)病理生理学教研室 

出 版 物：《武汉大学学报(医学版)》 (Medical Journal of Wuhan University)

年 卷 期：2024年第45卷第10期

页      面：1222-1227页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：乳腺癌 G-四链体 预后模型 分子分型 TCGA数据库 

摘      要：目的：利用生物信息学方法，基于G-四链体（G-quadruplex）相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用，并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法：利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息，在PubMed上系统检索G-quadruplex相关研究，筛选纳入G-四链体相关基因数据，利用共识聚类鉴定G-四链体相关基因调控亚型，通过基因集富集分析(GESA)、Cox回归分析和LASSO回归分析等生物信息学方法，构建预测乳腺患者预后的G-四链体相关基因风险评分模型，并进一步检测其预测效能。结果：鉴定出基于G-四链体相关基因调控亚型，并且不同亚型总生存期、基因集通路富集分析和药物IC50上存在显著差异，筛选出8个G-四链体相关基因(RPS9、YBX1、FOS、VIM、RPL10、MYC、TAF15、HNRNPA1)用于构建G-四链体相关基因调控亚群的预测模型。Kaplan-Meier分析结果提示低评分组的结局较高评分组更差(P=0.02)，风险模型在预测1年、3年和5年总体生存率的ROC曲线下面积(AUC)，训练集中为0.80、0.77和0.78，验证集中为0.81、0.74和0.75。多因素Cox回归分析表明风险评分是乳腺癌患者预后的独立预测因子(P0.001)。结论：基于G-四链体相关基因鉴定出乳腺癌亚型并构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立预后作用，为乳腺癌的预后预测提供新的见解。