生物信息学分析预测特应性皮炎与癫痫的潜在关联性

作     者：徐香淑 李初颖 金哲虎 

作者机构：延边大学附属医院皮肤科 

出 版 物：《中国老年学杂志》 (Chinese Journal of Gerontology)

年 卷 期：2024年第17期

页      面：4139-4143页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100204[医学-神经病学] 100206[医学-皮肤病与性病学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81560503) 

主　　题：特应性皮炎 癫痫 生物信息学 

摘      要：目的 探讨特应性皮炎与癫痫之间存在的潜在关联性。方法 基因表达综合数据库(GEO)获取特应性皮炎数据集(GSE32924)和癫痫合并数据集(GSE28674和GSE143272)基因芯片结果，使用R语言筛选共有差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在线平台已知和预测蛋白质相互作用数据库(STRING)和Cytoscape软件构建DEGs蛋白互作(PPI)网络，以连接度≥30为条件筛选核心基因。同时，利用分子复合检测(MCODE)插件挖掘PPI中有意义的模块(MCODE得分3分，网络节点4个)。结果 两种疾病交集共获得90个DEGs,主要富集在氨基酸生物合成、神经鞘之类信号通路和精氨酸合成三大通路。从包含77个节点与456条连线的PPI中筛选得出2个具有意义的簇集模块，并以连接度≥30为筛选条件最终获得组织蛋白酶(CTS)D、人冠状蛋白(CORO1A)、核输出蛋白(XPO1)、含丝氨酸/苏氨酸激酶的PAS结构域(PASK)共4个核心基因。结论 共有差异基因CTSD、CORO1A、XPO1、PASK的存在表明特应性皮炎和癫痫之间存在关联性，提示两者疾病之间可能存在共同分子机制。