玉米RAV基因家族鉴定、密码子偏好性及表达分析

作     者：柯琴 李云祥 王兴富 黄培峻 彭云玲 KE Qin;LI Yun-xiang;WANG Xing-fu;HUANG Pei-jun;PENG Yun-ling

作者机构：甘肃省白银市平川区农业技术推广中心甘肃白银730913 甘肃农业大学农学院兰州730070 

出 版 物：《玉米科学》 (Journal of Maize Sciences)

年 卷 期：2024年第32卷第6期

页      面：19-30页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：甘肃省高等学校产业支撑计划项目(2022CYZC-46) 

主　　题：玉米 RAV基因 进化 密码子偏好性 胁迫表达 

摘      要：利用RAV基因特有结构域,通过pfam和HMMER软件进行筛选剔除不完整或重复序列,从5个玉米自交系基因组中共鉴定出241个RAV家族成员,并使用邻接法构建系统进化树,将玉米和拟南芥RAV基因家族分为9个亚族。分析显示,同一亚族RAV基因具有相似结构域、基因结构和motif分布。共发现87个共线性基因对,其中Zm-Oh43-RAV基因家族主要存在串联重复基因对,其他4个玉米自交系RAV基因家族主要存在全基因组复制或染色体片段复制事件。通过对RAV基因家族密码子偏好性分析结果表明,5个玉米自交系RAV基因家族中高频密码子均偏好使用G/C结尾,且密码子偏好编码甘氨酸(Gly)和亮氨酸(Leu)。通过对玉米自交系Zm-B73-RAV基因家族的胁迫表达分析,发现该家族基因能响应生物和非生物胁迫呈现出不同表达模式。