基于转录组测序对黄秋葵籽内参基因的发掘与验证

作     者：孙婷 秦廷豪 张艳 刘玉珊 冯媛媛 杨马进 李臻 张景荣 

作者机构：四川省农业特色植物研究院 成都师范学院 

出 版 物：《种子》 (Seed)

年 卷 期：2024年第8期

页      面：119-125页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：四川省省级公益性科研单位基本科研业务费专项资金项目(22JBKY01 23JBKY03) 

主　　题：黄秋葵 籽粒 内参基因 qRT-PCR 

摘      要：为获得黄秋葵籽不同发育时期均稳定表达的内参基因，本研究对授粉后3 d、6 d、15 d、25 d和40 d的黄秋葵籽粒进行转录组测序，基于黄秋葵全基因组注释信息和黄秋葵籽转录组测序数据，筛选出6个新的候选内参基因ZCCHC11、SEU、RPL11、FKBP62、MBR2L、BOB1,与文献报道的6个常用持家基因GAPDH、EF1-α、TUA5、YLS8、ACT2、eIF4A的稳定性进行对比。采用qRT-PCR检测上述基因在不同发育时期黄秋葵籽中的表达水平，运用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder综合评价其表达稳定性，然后利用淀粉合成酶基因AeAGPL2对筛选出的内参基因进行验证。结果表明，ZCCHC11L和SEU的稳定性最佳，TUA5稳定性最差；新发掘的内参基因ZCCHC11L、SEU及其ZCCHC11L+SEU组合可作为黄秋葵籽不同发育时期的内参基因。