粳稻LSD基因家族的生物信息学分析

作     者：张佳玉 张煜涛 韩雪杨 郝爱平 ZHANG Jiayu;ZHANG Yutao;HAN Xueyang;HAO Aiping

作者机构：牡丹江师范学院生命科学与技术学院黑龙江牡丹江157011 

出 版 物：《贵州农业科学》 (Guizhou Agricultural Sciences)

年 卷 期：2024年第52卷第8期

页      面：1-7页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：牡丹江师范学院研究生科技创新项目(kjcx2023-103mdjnu) 黑龙江省省属高等学校基本科研业务费科研项目(1451ZD004) 

主　　题：粳稻 LSD 基因家族 生物信息学分析 染色体 保守基序 结构域 

摘      要：【目的】探明粳稻LSD基因家族的结构功能,为研究LSD基因家族在粳稻生长发育过程中的作用奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法,分析粳稻LSD基因家族成员、蛋白质的理化性质、染色体位置、系统进化关系、保守基序及结构域。【结果】从粳稻中共鉴定出6个LSD基因,并命名为OsLSD1~OsLSD6。OsLSD蛋白氨基酸数量为131~1 463个,分子量为13 723.41~151 718.18 Da,且大部分为碱性蛋白。6个基因家族成员分别分布在粳稻12条染色体的5条上,OsLSD1、 OsLSD2、 OsLSD3、 OsLSD4/OsLSD5和OsLSD6分别分布在chr1、chr3、chr7、chr8和chr12上。根据系统发育分析,粳稻LSD基因家族可分为3个亚族,其中,OsLSD2、OsLSD4和OsLSD6为同一亚族;OsLSD5为同一亚族中的同一分支;OsLSD1、OsLSD3为同一亚族并与AtLSD1、AtLSD2、AtLSD3和AtLSD12为同一亚族;同一亚族中的LSD基因结构及排列顺序具有相似性。Motif分析发现,粳稻的6个LSD基因包含10个保守基序,其中,Motif 1是这些基因共有的保守基序,推测其与保守结构域相关。该基因主要在粳稻的幼嫩叶片、幼嫩花序及种子中表达。【结论】推测LSD基因家族在粳稻生长发育过程中起重要调控作用。