基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选

作     者：岳华梅 翟晴 宋明月 叶欢 杨晓鸽 李创举 YUE Hua-mei;ZHAI Qing;SONG Ming-yue;YE Huan;YANG Xiao-ge;LI Chuang-ju

作者机构：农业部淡水多样性保护重点实验室中国水产科学研究院长江水产研究所武汉430223 

出 版 物：《淡水渔业》 (Freshwater Fisheries)

年 卷 期：2016年第46卷第1期

页      面：24-28页

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家高技术研究发展计划项目课题一(2011AA100401) 

主　　题：兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis) 高通量测序 微卫星标记 

摘      要：采用Illumina高通量测序技术,对兴国红鲤（Cyprinus carpio var.singuonensis）垂体和性腺等组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示：共获得13 652个微卫星标记,对所得位点进行分类,单核苷酸重复类型占47.86%,二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43%、16.32%、1.25%、0.12%以及0.02%。随机选取30个SSR位点进行PCR验证,有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2~4,平均等位基因数为3.111 1±0.993 8,观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）以及多态信息含量（PIC）平均值分别为0.597 2±0.233 2、0.539 7±0.178 0和0.467 2±0.172 1。9个微卫星位点中,有4个显著偏离哈代-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）（P〈0.05）。Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法,所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。