木通叶绿体基因组密码子偏好性分析

作     者：简雪艳 杨菊 Jian Xueyan;Yang Ju

作者机构：铜仁职业技术学院农学院铜仁554300 贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心贵阳550025 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第19期

页      面：6318-6323页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：贵州大学实验室开放项目(SYSKF2021-082)资助 

主　　题：木通 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 

摘      要：木通(Akebia)是重要的经济藤本,为了解木通叶绿体基因组密码子偏好性差异,以公开的叶绿体基因组数据为研究材料,提取相关完整的CDS(Coding DNA sequence)基因序列。利用CodonW软件、EMBOSS和Seqinr R package对筛选出的CDSs进行生物信息学分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析和最优密码子筛选。结果表明,4种不同木通种的叶绿体基因组密码子的使用具有较强的偏好性,主要受突变和选择的影响。不同位置上的GC含量大小排序分别是GC_(1)GC_(2)GC_(3),表明叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和T结尾。中性分析结果显示GC_(12)和GC_(3)的相关性极低且不显著。PR2-plot分析中,T碱基的使用频率A、G碱基的使用频率C;11个密码子确定为4种木通间通用的最优密码子。本研究为提高木通叶绿体基因组的外源性基因表达效率提供参考。