青檀(Pteroceltis tatarinowii)全长转录组SSR分布及其序列特征

作     者：郭伟 罗磊 李国华 王迎 季霞 周光锋 于永畅 孙忠奎 程甜甜 边晓惠 杨波 王新花 张林 Guo Wei;Luo Lei;Li Guohua;Wang Ying;Ji Xia;Zhou Guangfeng;Yu Yongchang;Sun Zhongkui;Cheng Tiantian;Bian Xiaohui;Yang Bo;Wang Xinhua;Zhang Lin

作者机构：泰安市泰山林业科学研究院泰安271000 泰山学院泰安271021 泰安时代园林科技开发有限公司泰安271000 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第19期

页      面：6396-6402页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：泰安市乡土观赏树种国家林木种质资源库项目(林场发153号) 2019年山东省农业科技园区产业提升工程项目(2019YQ012) 泰安市科技发展计划(引导计划)(2018NS0090)共同资助 

主　　题：青檀 全长转录组 EST-SSR 

摘      要：采用生物信息学方法对青檀(Pteroceltis tatarinowii)全长转录组中的SSR位点信息进行分析,以期为青檀SSR标记开发提供依据。利用MISA工具对全长转录组测序获得的基因序列进行SSR检索、位点信息分析。从11801条基因序列中检索到6524个SSR位点,平均距离为2.49 kb,发生频率为55.29%。单核苷酸所占比例为44.70%,优势重复单元是A/T,占单核苷酸的99.28%。二核苷酸所占比例为19.33%,优势重复单元是AG/TC,占二核苷酸的37.67%。大部分SSR长度集中在10~25 bp之间,所占比例为77.16%。研究结果表明青檀SSR位点类型丰富、具有较高的多态性,可为青檀SSR分子标记开发和利用、种质资源的遗传多样性分析、分子标记辅助选择育种等方面提供的理论基础。