棕红悬钩子叶绿体的基因组结构与序列特征分析

作     者：李启少 王正德 李建运 王飞 李子涵 朱文 汤嘉莹 辛雅萱 李斌 辛培尧 Li Qishao;Wang Zhengde;Li Jianyun;Wang Fei;Li Zihan;Zhu Wen;Tang Jiaying;Xin Yaxuan;Li Bin;Xin Peiyao

作者机构：西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室 毕节市林业科学研究所 

出 版 物：《西南林业大学学报(自然科学)》 (Journal of Southwest Forestry University(Natural Sciences))

年 卷 期：2024年第44卷第04期

页      面：93-105页

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：云南省科技人才与平台计划项目(202205AF150022)资助 

主　　题：棕红悬钩子 叶绿体 基因组 密码子 系统发育 

摘      要：对棕红悬钩子叶绿体基因组测序后进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点分析，比对并构建17个悬钩子属植物和2个大叶路边青属植物系统发育树。以棕红悬钩子叶绿体基因组为参考，分析17种植物间的核苷酸多态性值，筛选高变区位点，比较棕红悬钩子与另外9个物种的IR边界区的收缩和扩张情况。结果表明：棕红悬钩子叶绿体基因组全长156 266 bp，其中大单拷贝区85 849 bp，小单拷贝区18 855 bp、双向重复区25 781 bp；共注释出129个基因，包括86个蛋白质编码基因、35个tRNA基因和8个rRNA基因；选择压力是影响密码子使用偏好性的首要因素，16个最优密码子均以A/U结尾；棕红悬钩子SSR偏好使用A、T碱基。棕红悬钩子与锈毛莓、蛇泡筋亲缘关系较近，17种悬钩子属植物叶绿体基因组序列之间相似度较高，基因编码区比非编码区更为保守，变异主要发生在非编码区的相邻基因间隔区内，悬钩子属植物IR/SC边界较为保守。研究结果可为后期悬钩子属植物的分类鉴定及系统发育分析提供参考。