人体肠道微生物基因组DNA提取方法的比较

作     者：周凡入 梁海慧 张秀峰 李学龙 ZHOU Fanru;LIANG Haihui;ZHANG Xiufeng;LI Xuelong

作者机构：沈阳化工大学制药与生物工程学院辽宁沈阳110142 鉴微(沈阳)生物科技有限公司辽宁沈阳110043 

出 版 物：《当代化工》 (Contemporary Chemical Industry)

年 卷 期：2024年第53卷第7期

页      面：1614-1618,1624页

学科分类：081704[工学-应用化学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 081701[工学-化学工程] 10[医学] 

基　　金：辽宁省振兴人才计划(项目编号:XLYC2002027) 辽宁科技创新中心建设(项目编号:1590826279052) 中央财政用于引导地方科技发展的资金(项目编号:2021JH6/10500225) 

主　　题：DNA提取 高通量测序 扩增子测序 微生物群落 

摘      要：探究了不同DNA提取方法对人体肠道微生物菌群研究的影响,为今后研究人体肠道微生物时选择提取方法提供参考依据。选择市面上3种商业化肠道微生物DNA提取试剂盒和1种实验室改良方法对20份人类粪便样本中微生物DNA进行提取,根据DNA浓度、纯度和微生物多样性比较4种DNA提取方法差异。结果表明:Q-试剂盒法(QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit,Qiagen)、ET-试剂盒法(ET粪便DNA快速提取试剂盒,IDMBIO)、P-实验室改良法3种方法提取的DNA得率较高;方法 P获得的OTU数量最多;α多样性分析结果显示4种提取方法差异不显著;方法 P、方法 Q得到肠道微生物组成结构相似度较高,方法 ET、方法 Y(MolPure Stool DNA Kit,Yeasen)得到肠道微生物组成相似度较高;4种DNA提取方法所得微生物群落构成在门水平和属水平差异明显。每种DNA提取方法都有各自提取偏好性菌属,经过综合比较,方法 Q和方法 ET提取DNA的得率更高、速度更快。