基于生物信息学构建肝内胆管癌生存预测模型及验证

作     者：李俊蒽 胡润 姚沛 桂仁捷 段华新 LI Junen;HU Run;YAO Pei;GUI Renjie;DUAN Huaxin

作者机构：湖南师范大学第一附属医院肿瘤科湖南长沙410000 

出 版 物：《西部医学》 (Medical Journal of West China)

年 卷 期：2024年第36卷第8期

页      面：1202-1212页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：湖南省自然科学基金项目(2020JJ8084) 

主　　题：肝内胆管细胞癌 生物信息学 预后模型 关键基因 

摘      要：目的通过生物信息学的方法挖掘肝内胆管癌(ICC)潜在的预后标志物,构建生存预测模型以更好地指导临床治疗。方法通过TCGA-CHOL和GSE107943数据集来寻找差异基因,基于加权相关网络分析(WGCNA)算法,构建无尺度网络寻找和肿瘤发生联系紧密的基因模块。将差异基因与模块内的基因取交集,通过单因素COX和Lasso-cox回归模型构建ICC的预后风险模型,E-MTAB-6389数据集用于外部验证,对于参与模型构建的关键基因,在13个ICC配对肿瘤样本中验证蛋白表达情况。另外收集我院2017年6月—2021年6月80例手术后的ICC患者临床病理资料,电话随访的方式获得患者生存数据。根据免疫组化半定量的方法,对独立预后危险基因的蛋白表达情况进行打分,用二分类的方式将患者分为高、低表达组,比较不同分组患者总生存期(OS)的差异,并分析独立预后危险基因与临床病理特征之间的关系。结果将差异基因与WGCNA中蓝色基因模块中的基因取交集得到958个基因。通过单因素Cox和Lasso-Cox回归分析得到用于模型构建的5个关键基因(CFH、EGR4、RERG、PRICKLE1、NIPA1)。高风险患者OS明显低于低风险的患者。对模型效能进行评估,1、3、5年ROC曲线下的面积分别为0.858、0.881、0.975。校准曲线对列线图进行评价,提示列线图准确性较高,并通过外部队列E-MTAB-6389进行验证,同样说明模型准确性良好。CFH蛋白表达与远处转移、淋巴结转移,以及TNM分期相关,可以作为ICC独立预后危险基因。结论本研究构建的CFH、EGR4、RERG、PRICKLE1、NIPA15基因风险预后模型具有较好的预测效能,能够对ICC患者的预后评估提供参考。