基于生物信息学和体外实验筛选头颈鳞癌生物标志物

作     者：赵慧 舒欣 张帆 任伟伟 刘姣 朱珠 ZHAO Hui;SHU Xin;ZHANG Fan;REN Wei-wei;LIU Jiao;ZHU Zhu

作者机构：湖北医药学院附属东风口腔医院湖北十堰442001 湖北医药学院口腔医学院湖北十堰442001 

出 版 物：《中国口腔颌面外科杂志》 (China Journal of Oral and Maxillofacial Surgery)

年 卷 期：2024年第22卷第4期

页      面：329-338页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：头颈部鳞状细胞癌 生物信息学 生物标志物 核心基因 

摘      要：目的:筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)潜在的分子生物标志物,并确定其功能和临床意义。方法:从基因综合表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载GSE58911数据集,筛选正常样本和头颈鳞癌样本中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。使用GeneCards和比较毒理学基因组(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)数据库,进一步筛选HNSCC潜在生物标志物,针对HNSCC潜在生物标志物进行生物信息学分析。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库作为外部验证,并用ssGSEA评估免疫细胞浸润情况。通过CCK-8、集落形成实验及实时荧光定量PCR(RT-PCR)验证数据库分析结果的准确性。结果:在GSE58911数据集中得到605个DEGs,从中开发并验证了SERPINE1、PLAU、PLAUR和SERPINB2为HNSCC核心基因。与正常对照相比,HNSCC中SERPINE1,PLAU和PLAUR表达量显著上调,而SERPINB2表达量显著下调。核心基因与免疫细胞浸润关系,进一步提高对HNSCC免疫治疗的理解。RT-PCR结果与4个核心基因在数据集中的结果一致,体外实验结果表明,SERPINE1能促进HNSCC的进展。结论:SERPINE1、PLAU、PLAUR和SERPINB2可作为诊断HNSCC的潜在生物标志物,但需进一步体外和体内研究,明确其在HNSCC中的作用及具体机制。