黄栌枯萎病拮抗细菌CCBC3-3-1的全基因组测序及比较基因组分析

作     者：周江鸿 夏菲 仲丽 仇兰芬 李广 刘倩 张国锋 邵金丽 李娜 车少臣 ZHOU Jiang-hong;XIA Fei;ZHONG Li;QIU Lan-fen;LI Guang;LIU Qian;ZHANG Guo-feng;SHAO Jin-li;LI Na;CHE Shao-chen

作者机构：园林绿地生态功能评价与调控技术北京市重点实验室北京市园林绿化科学研究院北京100102 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2024年第40卷第7期

页      面：235-246页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：北京市公园管理中心科技课题(ZX2018016) 

主　　题：黄栌 大丽轮枝菌 泛菌 拮抗作用 全基因组测序 

摘      要：【目的】从黄栌枝干内部分离到的细菌CCBC3-3-1菌株对黄栌枯萎病菌(Verticilliumdahliae)表现出较强的拮抗作用,从基因组层面深入研究其拮抗机理,为进一步研发生防菌剂提供理论依据。【方法】利用PacBio RS测序平台完成CCBC3-3-1的全基因组测序,根据16S rDNA序列信息构建系统发育树,并与同属近缘种菌株进行比较基因组学分析;对其发酵液进行LC-MS非靶标代谢组检测。【结果】CCBC3-3-1基因组总长度为5.16 Mb,由1条环状双链染色体和3个环状质粒组成,GC含量48.08%,含有5013个编码基因。经过antiSMASH预测,CCBC3-3-1基因组中有8个抗生素及次生代谢物合成相关的基因簇,其中2个与已知基因簇相似度较低,5个基因簇功能未知,其发酵液中检测出6种已知抗生素类物质。比较基因组学分析结果表明CCBC3-3-1基因组与泛菌属内4个近缘种均有显著差异,而且CCBC3-3-1在16S rDNA系统发育树上形成一个相对独立的分支。【结论】CCBC3-3-1是泛菌属的一个新变异种Pantoeasp.,能够产生多种抗生素类物质,在黄栌枯萎病生物防治方面具有重要应用潜力。