细菌转录因子研究方法及其应用进展

作     者：彭萱 张小梅 龙雨欣 龙中儿 PENG Xuan;ZHANG Xiaomei;LONG Yuxin;LONG Zhong’er

作者机构：江西师范大学生命科学学院南昌市鄱阳湖湿地微生物资源开发与利用重点实验室南昌330022 

出 版 物：《应用与环境生物学报》 (Chinese Journal of Applied and Environmental Biology)

年 卷 期：2024年第30卷第3期

页      面：653-663页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31960015) 江西省自然科学基金项目(20192BAB204001)资助 

主　　题：转录因子 启动子 转录调控 细菌 

摘      要：研究细菌的转录调控有利于揭示细菌生命活动的规律,控制细菌的代谢途径,从而挖掘其在生命科学基础与应用各领域中的应用潜能.细菌转录因子(TFs)是调控细菌转录过程的关键因子之一,其研究技术正朝着高灵敏度、高通量的方向迅速发展.详述细菌TFs的研究内容、方法及其进展,具体包括用于细菌转录因子筛选与验证的DNA pulldown技术、细菌单杂交系统和凝胶电泳迁移率实验等,用于细菌转录因子结合位点研究的染色质免疫共沉淀技术、DNaseⅠ足迹法、DNA亲和纯化测序和指数富集的配基系统进化等,用于细菌TFs互作蛋白筛选研究的酵母双杂交系统、GST pull-down技术、双分子荧光互补、荧光共振能量转移及表面等离子共振技术等,用于细菌TFs功能验证的基因突变和基因过表达技术,以及细菌TFs在生命科学基础研究、合成生物学和生物监测等领域的应用.讨论了各种细菌TFs研究方法的优缺点,最后在对比分析各研究方法特点的基础上,总结出制约细菌TFs研究的技术瓶颈,在细菌TFs的筛选和验证中缺少普遍适用于各类细菌的通用技术,单细胞转录组学、空间转录组学以及多模态结构化嵌入方法等新技术的发展及其拓展应用于细菌细胞,必将促使细菌TFs的研究取得新的突破.