基于测序及近缘种间比较分析滴水珠叶绿体基因组特征

作     者：罗须 罗睿 杜声珊 姚妹 王雨 Luo Xu;Luo Rui;Du Shengshan;Yao Mei;Wang Yu

作者机构：贵州大学生命科学学院贵阳550025 贵州大学山地植物资源保护与保护种质创新教育部重点实验室贵阳550025 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第16期

页      面：5297-5306页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31960067 31560081) 贵州省自然科学基金项目(Z073181)共同资助 

主　　题：叶绿体基因组 天南星科 半夏属 滴水珠 系统进化树 

摘      要：为确认滴水珠叶绿体基因组的大小、特征及与近缘种的关系,本研究对滴水珠叶绿体基因组进行测序和拼接。发现其总长为164850 bp,GC含量为36.5%;具有典型的环状四分区结构,包括一个大单拷贝区(LSC,89964 bp)、一个小单拷贝区(SSC,25120 bp)和一对反向重复序列(IRs,24883 bp);共注释到113个特异基因,包括79个蛋白编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因;共检测到331个SSR位点,且大多位点均具有A/T碱基偏好性。经叶绿体基因组序列比对发现,7个天南星科物种在叶绿体基因组结构、基因顺序和基因含量等均具有高度保守性。IR区边界扩张与收缩分析发现,滴水珠叶绿体基因组只含有一个单拷贝的trnN-GUU基因,其IR区较其他物种发生了收缩。系统发育分析发现,半夏属形成一个单系,且滴水珠的分枝长度比其他两个物种长。本研究提供了天南星科植物的叶绿体基因组序列信息,且发现相对于半夏属的其他物种滴水珠可能具有特殊的进化历史。