红树莓GeBP基因家族鉴定及表达分析

作     者：张瑞杰 李明 李迎超 窦安琪 张羽萌 郑奕宸 李寒 顾玉红 ZHANG Ruijie;LI Ming;LI Yingchao;DOU Anqi;ZHANG Yumeng;ZHENG Yichen;LI Han;GU Yuhong

作者机构：河北农业大学生命科学学院河北保定071001 中国林业科学研究院林业研究所北京100091 河北农业大学林学院河北保定071001 

出 版 物：《植物生理学报》 (Plant Physiology Journal)

年 卷 期：2024年第60卷第6期

页      面：1007-1015页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：邢台市重点研发计划项目(2022zz068) 河北省重点研发计划项目(20326338D) 

主　　题：红树莓 GeBP转录因子 鉴定 生物信息学 表达分析 

摘      要：无表皮毛增强子结合蛋白(GeBP)是植物体内一种特有的蛋白,在植物生长发育、激素水平和逆境胁迫中发挥重要作用。本研究以‘海尔特兹’红树莓为材料,通过转录组测序、生物信息学分析、qRTPCR技术,对GeBP基因家族成员进行了鉴定和表达模式研究。结果显示:GeBP基因家族3个成员的蛋白质氨基酸数量在236~407个之间,分子质量在26.66~42.25 kDa之间,等电点在4.84~9.52之间。RuGeBP-1和RuGeBP-2为不稳定存在的蛋白质,RuGeBP-3为稳定存在的蛋白质。三者均为亲水性蛋白质、含有最多的氨基酸为丝氨酸、均无信号肽、为非分泌蛋白、均定位于细胞核、均为非跨膜蛋白、含有DUF573保守结构域,二级结构均由α螺旋、β转角、无规则卷曲、折叠延伸链共4种结构构成,且与三级结构预测结果一致。RuGeBP基因家族有0~2个内含子和6个重要的保守基序;系统进化分析表明红树莓与草莓的亲缘关系更近。启动子顺式作用元件表明RuGeBP基因家族成员主要参与激素响应、防御和应激响应、植物生长发育。RuGeBP基因家族存在组织特异性表达,主要在果实发育前期和根中表达。RuGeBP-1、RuGeBP-3可能与果实中脱落酸等激素响应机制以及根的生长有关,RuGeBP-2可能与根的生长和防御机制有关。