酸模叶蓼叶绿体基因组特征及系统发育分析

作     者：杨贤均 旷娟 全志鑫 谢金雨 肖佳伟 欧龙艳 黎颖惠 YANG Xianjun;KUANG Juan;QUAN Zhixin;XIE Jinyu;XIAO Jiawei;OU Longyan;LI Yinghui

作者机构：邵阳学院农林生态学院湖南邵阳422004 

出 版 物：《邵阳学院学报（自然科学版）》 (Journal of Shaoyang University：Natural Science Edition)

年 卷 期：2024年第21卷第3期

页      面：57-65页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：湖南省自然科学基金项目(2024JJ7509) 湖南省教育厅重点项目(20A451) 国家级大学生创新创业项目(202210547014) 

主　　题：酸模叶蓼 叶绿体基因组 重复序列 密码子偏好性 系统发育分析 

摘      要：为探究酸模叶蓼(Persicaria lapathifolia)的叶绿体基因组特征及其系统位置,本研究采用Illumina平台对酸模叶蓼的叶绿体全基因组进行测序。结果表明,酸模叶蓼叶绿体基因组由4部分组成,总长度为159 052 bp,其中,大单拷贝区(LSC)长度为83 621 bp,小单拷贝区(SSC)长度为13 149 bp, 2个反向重复区长度均为31 141 bp。基因组序列总的鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)含量为38%,共注释得到128个独特基因,包含83个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因。酸模叶蓼叶绿体基因组相对同义密码子使用度大于1.00的密码子共有32个,其中,有29个以A/U结尾,有3个以G结尾。在酸模叶蓼叶绿体基因组中共检测209个符合条件的SSR位点,以单核苷酸重复占绝对优势,主要是A/T碱基。系统发育分析表明,酸模叶蓼与香蓼(Persicaria viscosa)的亲缘关系最近。本研究可为蓼科(Polygonaceae)叶绿体基因组及系统发育分析提供基础参考资料。