青花菜线粒体基因组组装与序列特征分析

作     者：唐征 昂海燕 裴徐梨 荆赞革 TANG Zheng;ANG Haiyan;PEI Xuli;JING Zange

作者机构：温州科技职业学院浙南作物育种重点实验室浙江温州325006 昆明学院农学与生命科学学院昆明650214 

出 版 物：《西北农业学报》 (Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica)

年 卷 期：2024年第33卷第6期

页      面：1074-1082页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：云南省地方本科高校(部分)基础研究联合专项(ZX20240002) 云南省科技厅基础研究专项青年项目(2019-1-C-25318000002236) 浙江省自然科学基金(LY18C150006) 浙江省农业(蔬菜新品种选育)新品种选育重大科技专项子项目(2021C02065-4-2) 温州市科技项目(2019ZX007-2) 

主　　题：青花菜 线粒体基因组 组装 序列分析 

摘      要：为更好地从分子水平了解青花菜,对青花菜进行线粒体基因组组装,并对其序列特征进行分析。青花菜线粒体基因组大小为219964 bp,GC含量为45.25%。线粒体基因组注释到61个基因,包括33个编码蛋白基因,23个tRNA基因,3个rRNA基因和2个假基因。其中8个基因的核苷酸多样性较高;24个基因无核酸多样性。变异数量最多的基因是rrn26、rrn18和atp1,其变异数量分别为326、277和136。密码子偏好性分析结果显示RSCU值1的密码子有29个,大多以A/U碱基结尾,表明其密码子更偏向于A/U结尾。基因组序列中共检测到345个重复序列,包括170个正向重复序列和175个回文重复序列。青花菜与花椰菜的线粒体基因组具有极好的共线性,且基因的位置基本一致。青花菜线粒体和叶绿体基因组中共检测到22条同源片段。同源片段总长度为13355 bp,平均607bp。