青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性种群结构分析

作     者：靳娟 王艺婷 李胜 杨晓艳 何建 辛有全 柏吉祥 张丽 杜文琪 李伟 Jin Juan;Wang Yiting;Li Sheng;Yang Xiaoyan;He Jian;Xin Youquan;Bai Jixiang;Zhang Li;Du Wenqi;Li Wei

作者机构：青海大学医学部公共卫生系 西宁 青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室 西宁 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室 北京 

出 版 物：《中华地方病学杂志》 (Chinese Journal of Endemiology)

年 卷 期：2024年第43卷第6期

页      面：452-455页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(2021YFC1200200) 国家自然科学基金(81660349) 

主　　题：耶尔森菌属 鼠疫 青藏高原 单核苷酸多态性 

摘      要：目的了解青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)种群结构及地区分布特征。方法选取1954 - 2020年分离自青藏高原鼠疫自然疫源地的319株代表性鼠疫菌, 利用全基因组测序技术, 比对全球鼠疫菌系统发育树纳入的2 298个SNP位点;并采用MEGA 6.0软件对319株青藏高原鼠疫菌构建系统发育树, 确定该疫源地鼠疫菌的SNP种群结构, 描述其地区分布特征。结果青藏高原鼠疫自然疫源地分离的319株鼠疫菌分布在5个分支中, 分别为***、***、***、***和***。***分支包含209株(65.52%, 209/319)菌株, 为青海省鼠疫菌的优势种群, 占90.51%(143/158);***分支包含83株(26.02%, 83/319)菌株, 为西藏自治区鼠疫菌的优势种群, 占67.24%(78/116);***、***、***分支分别包含12(3.76%, 12/319)、9(2.82%, 9/319)、6株(1.88%, 6/319)菌株, 散在分布于青藏高原范围内青海省、甘肃省、四川省、西藏自治区、新疆维吾尔自治区。结论青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌的SNP种群结构较为丰富, 菌株分布在***、***、***、***和*** 5个分支, 总体呈现特定地区分布特征。