高黎贡牛樟芝线粒体全基因组特征及系统发育分析

作     者：尹以杭 原晓龙 陈自宏 杨宇明 郑元 王毅 YIN Yihang;YUAN Xiaolong;CHEN Zihong;YANG Yuming;ZHENG Yuan;WANG Yi

作者机构：西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院高黎贡山生物多样性与生态安全重点实验室云南昆明650201 保山学院云南保山678000 

出 版 物：《西部林业科学》 (Journal of West China Forestry Science)

年 卷 期：2024年第53卷第3期

页      面：1-11页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：云南省基础研究项目(202401AS070043) 国家自然科学基金项目(32160736,31860177) 云南省真菌多样性与绿色发展重点实验室开放课题(E03A311261-3) 

主　　题：高黎贡牛樟芝 线粒体基因组 比较基因组 三代测序 

摘      要：为了解高黎贡牛樟芝线粒体基因组的特征及系统发育,本研究利用高通量测序技术对高黎贡牛樟芝线粒体基因组进行测序组装、注释并对其组成特征与其他多孔菌目真菌的线粒体基因组进行比较分析。结果显示:(1)获得完整的高黎贡牛樟芝线粒体基因组,其大小为110713 bp。共编码82个基因(53个蛋白编码基因、27个tRNA基因、2个rRNA基因),有较为显著的A-T偏好。(2)与11个近缘物种线粒体基因组共线性分析,发现高黎贡牛樟芝线粒体基因组与其他线粒体基因组有32个同源区域,同源区域的相对位置在多孔菌目种间变化很大,在进化过程中发生频繁的基因重排。(3)选择压力分析显示,15个核心编码基因的Ka/Ks1,各物种在氨基酸水平上纯化选择起主导作用;系统发育分析表明,高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝关系最近,形成独立分支。结果表明:高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝线粒体基因组相比基因顺序没有发生变化,但存在一段4209 bp的片段缺失,该分析支持高黎贡牛樟芝成为一个独立新种。