不同生态类型菘蓝SLAF-seq分子标记

作     者：刘东 孟瑾瑾 王盼 陈红刚 王惠珍 杜弢 LIU Dong;MENG Jinjin;WANG Pan;CHEN Honggang;WANG Huizhen;DU Tao

作者机构：甘肃中医药大学药学院甘肃兰州730000 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2024年第55卷第7期

页      面：2375-2382页

核心收录：

学科分类：1006[医学-中西医结合] 10[医学] 100602[医学-中西医结合临床] 

基　　金：国家中药材产业技术体系建设专项资金资助 国家重点研发计划专项“乡村产业共性关键技术研发与集成应用”课题(2022YFD1602105)。 

主　　题：菘蓝 生态类型 SLAF标签 SNP 群体结构 

摘      要：目的探究不同生态类型菘蓝Isatis tinctoria表型差异和特异位点扩增片段测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)分子标记。方法以25个不同生态类型菘蓝为研究对象,利用SLAF-seq技术开发SLAF标签,再结合菘蓝叶片叶表观特征的田间观测,分析不同生态类型菘蓝植株表观差异。结果测序后各样品所获得的读长总量各不相同,测序质量值Q30为95.66%~96.60%,GC比例为38.13%~41.37%。共开发535105个菘蓝SLAF标签,多态性SLAF标签有34412个,共得到63002个群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记。测序分析结果与叶表观特征调查结果相结合,可以将25个不同生态类型菘蓝分为5类,分别为倒卵圆形无缺刻皱缩叶、倒卵圆形缺刻皱缩叶、倒卵圆形无缺刻平坦叶、倒卵圆形缺刻平坦叶、披针形无缺刻平坦叶。结论为后期进一步研究不同类型菘蓝的基因来源和遗传进化提供参考,为菘蓝种质分类、品种鉴定和分子辅助育种提供借鉴。