长江上游鱼类环境DNA通用引物的选择与验证

作     者：吕宏森 王安香 董智玲 闫卉果 龚志韬 刘嘉豪 姚维志 何文平 LÜ Hongsen;WANG Anxiang;DONG Zhiling;YAN Huiguo;GONG Zhitao;LIU Jiahao;YAO Weizhi;HE Wenping

作者机构：西南大学水产学院 西南大学淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室 

出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)

年 卷 期：2024年第48卷第6期

页      面：72-84页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2022YFD1201600) 国家自然科学基金(32071651) 农业农村部长江流域渔政监督管理办公室软科学项目(CJBRKT2022-10) 现代农业产业技术体系专项(CARS-49)~~ 

主　　题：鱼类 eDNA 通用引物 Mifish-U 长江上游 

摘      要：为了选择出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物，本研究选择10对扩增序列位于12S rRNA、16S rRNA、Cytb和COⅠ基因片段的常用引物，分别为Mifish-U、AcMDB07、Teleo、12SPv、Fish16S1、Ve16S1、PSI、G、VeCB1、FishCB，对长江上游常见的32种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增。结果显示，有6对引物均能扩增出全部35种鱼类，但引物Mifish-U的扩增效果最好。进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样e DNA进行高通量测序，共检测到80种鱼类，包括本研究使用的32种长江上游鱼类，其辨别度较高。使用引物Mifish-U对室内养殖3种鱼类的水样eDNA进行高通量测序后定性定量分析，结果显示黄颡鱼和鲤的生物量与序列数相关性显著，引物Mifish-U进行eDNA定量分析的潜力较大。研究表明，引物Mifish-U更适合作为e DNA研究长江上游鱼类多样性的通用引物。本研究可为利用eDNA技术监测长江上游鱼类多样性的引物选择提供参考。