结节性甲状腺肿circRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

作     者：张雪雪 王旭杰 徐钰莹 王宗雪 隗睿 李秋艳 ZHANG Xuexue;WANG Xujie;XU Yuying;WANG Zongxue;WEI Rui;LI Qiuyan

作者机构：中国中医科学院西苑医院综合内科北京100091 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2024年第22卷第2期

页      面：109-115页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

主　　题：结节性甲状腺肿 环状RNA 竞争性内源RNA GEO数据库 

摘      要：基于生物信息分析筛选结节性甲状腺肿中差异表达的环状RNA(circRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在结节性甲状腺肿中的作用。从GEO数据库中检索结节性甲状腺肿组织基因芯片数据,利用R软件筛选出差异表达的circRNA。联合多个生物信息数据库预测差异表达circRNA下游的miRNA及mRNA,并对靶mRNA进行GO及KEGG富集分析。利用STRING在线数据库及Cytoscape软件筛选核心基因。确定了2个circRNA,42个miRNA及546个mRNA。GO及KEGG富集分析表明靶mRNA主要涉及细胞生长及基因表达调控过程。基于Cytoscape软件筛选出了14个核心基因(SP1、IGF1R、RPS6KB1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、VEGFA、CCND1、CDK2、HSPA4、HIF1A、CREB1,NR3C1和STAT5A)。最终基于2个circRNA、11个miRNA和14个核心mRNA构建了circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结节性甲状腺肿组织中异常表达的circRNA及相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能成为结节性甲状腺肿诊断与治疗的新靶点。