基于生物信息学分析胰腺导管腺癌关键基因的表达及与预后的关系

作     者：李雪松 李加桩 刘颖 孙利 台庆阳 高守宝 姜薇薇 LI Xuesong;LI Jiazhuang;LIU Ying;SUN Li;TAI Qingyang;GAO Shoubao;JIANG Weiwei

作者机构：齐齐哈尔医学院附属第三医院肿瘤二科黑龙江齐齐哈尔1610000 

出 版 物：《癌症进展》 (Oncology Progress)

年 卷 期：2024年第22卷第7期

页      面：727-731页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：黑龙江省卫生健康委科研课题(20220202050667) 

主　　题：生物信息学 胰腺导管腺癌 差异表达基因 预后 

摘      要：目的通过生物信息学技术筛选胰腺导管腺癌的关键基因,并分析其表达与患者预后的关系。方法于基因表达综合(GEO)数据库下载GSE28735芯片中基因表达谱的数据,筛选胰腺导管腺癌组织与癌旁正常组织的差异表达基因(DEG),并进行基因本体(GO)功能分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape筛选关键基因,分析关键基因的mRNA表达情况,并分析关键基因表达与胰腺导管腺癌患者预后的关系。结果总计筛选了413个DEG,其中表达上调的基因257个,表达下调的基因156个。GO分析显示,DEG主要参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正向调控、细胞质、蛋白质结合、核质和细胞膜等;KEGG分析显示,DEG主要富集于癌症通路、沙门氏菌感染、细胞周期、环腺苷酸(cAMP)信号通路和轴突引导等通路。通过PPI网络确定了Ⅰ型胶原蛋白α2链(COL1A2)、骨膜蛋白(POSTN)、纤维连接蛋白1(FN1)、Ⅰ型胶原蛋白α1链(COL1A1)、Ⅲ型胶原蛋白α1链(COL3A1)5个关键基因,且均在胰腺导管腺癌中高表达。依据5个关键基因的表达情况,将胰腺导管腺癌患者分别分为高表达组与低表达组,结果显示,与低表达组相比,COL1A2、POSTN、FN1、COL1A1、COL3A1高表达组胰腺导管腺癌患者的总生存期均缩短,预后不良。结论COL1A2、POSTN、FN1、COL1A1和COL3A1均在胰腺导管腺癌组织中高表达,是促进胰腺导管腺癌发生发展的关键基因,或可作为胰腺导管腺癌患者预后的生物标志物。