基于生物信息学分析肺腺癌中铜死亡CDKN2A基因及潜在中药预测

作     者：李颖 谢飞宇 褚雪镭 蔡亚芳 薛鹏 朱世杰 LI Ying;XIE Feiyu;CHU Xuelei;CAI Yafang;XUE Peng;ZHU Shijie

作者机构：北京中医药大学研究生院北京100029 中国中医科学院望京医院肿瘤科北京100102 

出 版 物：《辽宁中医杂志》 (Liaoning Journal of Traditional Chinese Medicine)

年 卷 期：2024年第51卷第6期

页      面：1-4,I0001,I0002页

学科分类：1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(81973640) 

主　　题：铜死亡 CDKN2A 肺腺癌 中药预测 生物信息学 

摘      要：目的运用生物信息学分析铜死亡CDKN2A基因在肺腺癌中的表达水平、预后价值、免疫细胞浸润、相关基因筛选、功能富集分析及潜在中药预测,以期为临床治疗提供参考。方法使用GEPIA2和UALCAN,研究CDKN2A在肺腺癌患者中的表达情况,研究它与患者的年龄、性别和种族等之间存在的相关性;使用KM-plotter来评估预后价值;使用TIMER 2.0进行免疫浸润相关性分析;利用LinkedOmics数据库筛选相关基因,进行功能富集分析;利用COREMINE数据库进行中药预测,TCMSP数据库、HERB数据库及Swiss ADME平台筛选出上述中药有效活性成分,Cytoscape软件绘制“中药-活性成分网络图。结果按照P0.05检验水平,CDKN2A在肺腺癌组织中显著高表达,与患者吸烟、种族、TP53突变有关,与年龄、性别、肿瘤分级、肿瘤分期无关。CDKN2A高表达患者预后差(HR=1.73;P=0.00024)。CDKN2A与多种免疫细胞浸润相关。基因本体(gene ontology,GO)富集分析显示正相关基因主要参与细胞周期、ncRNA 3′-末端处理、核酸磷酸二酯键水解过程,表达于含细胞蛋白复合物、染色体组织,基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析显示正相关基因参与细胞周期与DNA复制过程。预测出虎刺、蜂房、兰花根(春兰根)等9味中药,其四气以温、平为主,五味以甘、辛、苦为主,归经主要归肝、肺、脾经,有效活性成分有73种。结论CDKN2A在肺腺癌组织中显著高表达,高表达患者预后差。虎刺、蜂房、兰花根等9味中药可能是治疗CDKN2A基因突变的肺腺癌患者的潜在药物。