玉米粒厚全基因组关联分析及全基因组选择研究

作     者：孟窈 林绍航 曾雨康 范泽辉 蒋佳乐 杜正阳 张枫毅 任姣姣 吴鹏昊 MENG Yao;LIN Shao-hang;ZENG Yu-kang;FAN Ze-hui;JIANG Jia-le;DU Zheng-yang;ZHANG Feng-yi;REN Jiao-jiao;WU Peng-hao

作者机构：新疆农业大学农学院乌鲁木齐830052 

出 版 物：《新疆农业大学学报》 (Journal of Xinjiang Agricultural University)

年 卷 期：2023年第46卷第5期

页      面：367-373页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：新疆维吾尔自治区天山创新团队项目(2022D14017) 新疆维吾尔自治区自然科学基金重点项目(2022D01D34) 新疆维吾尔自治区天山英才项目(2022TSYCJU0003) 新疆维吾尔自治区重大专项(2022A02003-4) 国家自然科学基金项目(32060484,U2003304,32001561) 新疆玉米产业技术体系项目(XJARS-02) 

主　　题：玉米 粒厚 全基因组关联分析 全基因组选择 

摘      要：本研究以多亲本双单倍体(DH)群体为供试材料,结合48k液相探针捕获技术,利用Blink和Farm CPU两种全基因组关联分析(GWAS)模型对玉米粒厚进行全基因组关联分析和全基因组选择,挖掘控制粒厚的显著单核苷酸多态性位点(SNP),探讨不同训练群体大小、标记密度、显著SNP标记对全基因组选择(GS)预测精度的影响。结果表明,玉米粒厚遗传力为73.68%,粒厚与穗长、穗粗和果穗重等穗部性状间均存在显著性相关关系。标准线为P3.17×10^(-5),共鉴定出11个与粒厚显著相关的稳定标记,主要分布于1、2、3、4、5和6号染色体中,其中3_195730561标记被两个模型同时检测到。鉴定到14个候选基因,其中Zm00001d032096和Zm00001d002641基因在玉米粒厚性状细胞发育中发挥重要作用。全基因组选择结果显示,当标记数量为500、训练群体占总群体70%时,即可得到较好的GS预测精度,显著SNP标记可以提高预测精度。