西瓜ClKNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析

作     者：陈雅心 户奥锋 张力铭 刘权权 杨路明 朱华玉 刘东明 CHEN Yaxin;HU Aofeng;ZHANG Liming;LIU Quanquan;YANG Luming;ZHU Huayu;LIU Dongming

作者机构：河南农业大学园艺学院郑州450046 

出 版 物：《中国瓜菜》 (China Cucurbits And Vegetables)

年 卷 期：2024年第37卷第5期

页      面：18-27页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：河南省科技攻关项目(222102110124) 河南省农业品种改良联合研究项目(2022010503) 

主　　题：西瓜 KNOX基因家族 全基因组鉴定 生物信息学分析 组织表达 

摘      要：KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要的调控作用。为进一步挖掘西瓜KNOX转录因子家族成员信息,探究分析其表达模式及基因功能,通过生物信息学方法对西瓜KNOX基因家族成员进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、系统进化及表达模式进行了分析。结果表明,西瓜基因组中共有12个KNOX基因,均定位于细胞核中,符合转录因子属性特征;KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox_KN这4类典型结构域均存在于大多数西瓜KNOX基因中,表明这4类结构域在KNOX基因功能中具有重要作用;系统发育分析将ClKNOX基因家族成员分为ClassⅠA、ClassⅠB、ClassⅡA和ClassⅡB 4个亚组,启动子元件分析表明,ClKNOX基因家族含有较多与生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件;组织表达分析结果表明,ClKNOX基因具有明显的组织特异表达特性,ClKNOX6和ClKNOX11在根和茎中高表达,而ClKNOX3和ClKNOX10在所有器官中表达量都相对较高,但所有ClKNOX基因在果肉中的相对表达量都较低。研究结果为进一步深入探究ClKNOX基因在生长发育中的功能和组织表达特性奠定了基础。