棘皮动物海星(Patiria miniata)全基因组微卫星分布特征

作     者：曾志锋 邵伟伟 马力 陶宇慧 韦力 ZENG Zhifeng;SHAO Weiwei;MA Li;TAO Yuhui;WEI Li

作者机构：桂林市林业和园林综合服务中心广西桂林541199 丽水学院生态学院浙江丽水323000 缙云县林业局浙江缙云321400 

出 版 物：《丽水学院学报》 (Journal of Lishui University)

年 卷 期：2024年第46卷第2期

页      面：31-39页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071002[理学-动物学] 

基　　金：浙江省自然科学基金资助项目“低温延长宁波滑蜥卵滞留及其分子机制”(LQ20C030001) 

主　　题：棘皮动物门 海星 全基因组 微卫星 分布规律 

摘      要：微卫星存在于大多数生物体中。本研究采用生物信息学方法对棘皮动物门的海星全基因组微卫星分布规律进行分析。结果表明:海星全基因组微卫星总数为163 819个,总长度为2 655 030 bp,占基因组序列总长度的0.44%。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复单元中数量最多的分别为(G)_(n)、(AT)_(n)、(TTA)_(n)、(TTTG)_(n)、(ACTCG)_(n)和(TACATG)_(n)。海星不同类型微卫星的重复次数分布差异较大。不同基因区和基因间区的数量及丰度不同,其中基因间区的微卫星数量及其丰度最大,为82 871个(3 229.00个/Mb),编码区的微卫星数量及其丰度最小,为936个(226.29个/Mb)。编码区中,微卫星最多的类型为三碱基重复,非翻译区、外显子、内含子和基因间区最多的类型均为单碱基重复。在微卫星丰度分布的位置特征分析中,基因上游500 bp和下游500 bp区域的微卫星丰度最大,分别为4 527.64个/Mb和4 844.82个/Mb。在外显子中,倒数第一外显子的丰度最大(数量为2 686个),为1 725.52个/Mb,其余外显子的丰度较为接近。不同位置区域的内含子丰度也较为接近,丰度为2 730.42~3 047.94个/Mb。本研究结果为海星的进一步深入研究提供参考数据。