东极黑猪群体遗传结构分析及利用

作     者：黄贺 臧正宇 王嗣泽 王月月 孟凡伍 张津 郑鹏 赵骞 HUANG He;ZANG Zhengyu;WANG Size;WANG Yueyue;MENG Fanwu;ZHANG Jin;ZHENG Peng;ZHAO Qian

作者机构：东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030 东极生态畜牧发展(抚远市)有限公司黑龙江佳木斯156500 

出 版 物：《东北农业大学学报》 (Journal of Northeast Agricultural University)

年 卷 期：2024年第55卷第1期

页      面：59-69页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：黑龙江省重点研发计划指导类项目(GZ20230026) 

主　　题：东极黑猪 SNP芯片 亲缘关系 近交 家系 

摘      要：东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体,试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性,以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构,同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析(Principal component analysis,PCA)。结果表明,东极黑猪57466个SNPs中有47389个SNPs通过质检;PCA结果显示,3个群体分别聚类,东极黑猪与另外两个猪种区分明显;东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近,状态同源(Identity by state,IBS)遗传距离为0.0977~0.3589,平均值为0.2752;连续性纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb,主要分布在200~300 Mb,群体平均近交系数(FROH)为0.133,说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果,可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明,东极黑猪群体遗传多样性丰富,品种独特,但存在近交,建议引入新血统以防遗传多样性丢失。