分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式（英文）

作     者：王恒越 张志勇 

作者机构：中国科学技术大学物理系 

出 版 物：《中国科学技术大学学报》 (Journal of University of Science and Technology of China)

年 卷 期：2024年第3期

页      面：3-9页

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 0711[理学-系统科学] 07[理学] 08[工学] 

基　　金：supported by the National Key Research and Development Program of China (2021YFA1301504) the National Natural Science Foundation of China (91953101) the Chinese Academy of Sciences Strategic Priority Research Program (XDB37040202) 

主　　题：蛋白质数据库 PDB格式 CIF格式 分子动力学模拟 GROMACS 

摘      要：分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为，因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始，而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年，PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而，PDB格式存在一些内在缺陷，例如以固定宽度存储结构信息，这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此，CIF文件格式被提出来替代PDB格式，前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知，目前主流的MD软件包只支持PDB格式，而不直接支持CIF格式。在本研究中，我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码，使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件，并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。