基于TCGA数据库分析SSBP1基因在肝细胞癌中的表达及预后

作     者：林亚茹 杨玺 李锦松 刘如爱 普元倩 李建康 余敏 熊伟 LIN Yaru;YANG Xi;LI Jinsong;LIU Ru’ai;PU Yuanqian;LI Jiankang;YU Min;XIONG Wei

作者机构：大理大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室大理671000 云南省昆虫生物医药研发重点实验室大理671000 云南省高校临床生物化学检验重点实验室大理671000 云南大学生命科学学院生物化学与分子生物学实验室昆明650091 

出 版 物：《宁夏医科大学学报》 (Journal of Ningxia Medical University)

年 卷 期：2024年第46卷第2期

页      面：146-152页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(82160516) 云南省应用基础研究专项面上项目(202201AT070004,202301AT070023) 云南省地方本科高校基础研究联合专项面上项目(202101BA070001-226) 云南省高校地方本科高校基础研究联合专项青年项目(2022) 云南省昆虫生物医药研发重点实验室开放课题(AG2022003,AP2022006) 云南省教育厅科学研究基金研究生项目(2023Y0949) 

主　　题：线粒体单链DNA结合蛋白 癌症基因组图谱 肝细胞癌 生物标志物 预后 

摘      要：目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库研究SSBP1基因在肝细胞癌(HCC)组织中的表达情况,并探讨SSBP1基因表达量与患者临床病理特征及预后的相关性。方法基于TCGA数据库提取374例HCC组织及50例正常肝组织中SSBP1基因表达量数据、患者的临床病理参数资料,利用R 4.1.2分析SSBP1在HCC中的表达情况及其与HCC患者的临床病理特征和预后的相关性,通过基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)数据库和R 4.1.2联合分析SSBP1在HCC各临床病理分期间的表达差异,利用TIMER数据库分析SSBP1表达与免疫细胞浸润的相关性,通过R软件pROC程序包制作ROC生存曲线评估SSBP1表达量对HCC的诊断效果。结果TCGA数据库分析表明,无论是配对样本还是非配对样本,SSBP1 mRNA在HCC组织中的表达水平均高于正常肝组织(P均0.05)。进一步进行单因素和多因素Cox回归分析发现,SSBP1高表达是影响HCC患者总生存期(OS)的独立危险因素(HR=1.713,P=0.016)。免疫细胞浸润分析发现,HCC组织中SSBP1表达与幼稚B细胞浸润水平呈负相关,而与记忆B细胞和巨噬细胞呈正相关(|r|0.2,P均0.50)。结论SSBP1 mRNA在HCC中的表达增高,且高表达是预后不良的独立危险因素,同时SSBP1对HCC具有良好的诊断价值,可成为HCC患者预后判断一种潜在的分子标志物以及免疫治疗的潜在靶点。