基于病毒组学的川崎病潜在病毒感染特征分析

作     者：林沙 刘晓亮 华益民 范振鑫 吴刚 李一飞 LIN Sha;LIU Xiaoliang;HUA Yimin;FAN Zhenxin;WU Gang;LI Yifei

作者机构：四川大学华西第二医院出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室成都610041 四川大学华西第二医院四川大学华西第二医院儿童心血管科成都610041 四川大学生命科学学院成都610041 

出 版 物：《中国循证儿科杂志》 (Chinese Journal of Evidence Based Pediatrics)

年 卷 期：2024年第19卷第1期

页      面：12-18页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100202[医学-儿科学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目:82270249 

主　　题：川崎病 病毒感染 宏基因组学 高通量测序 生物信息学 

摘      要：背景目前虽然有许多研究从流行病学、遗传学、感染、免疫、炎症等方面探讨川崎病(KD)病因,但仍无定论。目的通过对KD患儿血液的微生物组学和病毒组学的测序分析,尝试从微生物学和病毒学角度分析KD可能的病因,揭示KD患儿体内微生物和病毒的组成及相对丰度,并寻找KD的潜在致病病毒。设计病例对照研究。方法采集KD和健康儿童血液标本,行病毒样颗粒的纯化、提取和测序,并对宏基因组测序和原始数据质量控制,通过MEGAHIT软件实现宏基因组的组装,运用kraken2进行物种注释,获得样本的物种在各个分类层级(门、目、科、属、种)的相对丰度,利用在线工具Wekemo Bioincloud将分类群丰度按相对丰度标准化,并将前20个分类群进行展示,利用线性判别分析进行比较,以线性回归分析(LDA)2为标准筛选组间在丰度上有显著差异的物种。主要结局指标物种在门、目、科、属、种的相对丰度。结果在微生物组学层面,KD组与对照组极为相似,只有科萨病毒门和芽孢杆菌Y1的相对丰度差异有统计学意义。特异性病毒组学高通量测序分析显示,门级:KD组与对照组相比,Uroviricota、核质病毒门和杆状病毒门的相对丰度明显降低;属水平:Orthohepadnavirus、Pegunavirus、Montyvirus、正内罗病毒属、Toursvirus等多个属的相对丰度较对照组显著增加;种水平:KD组Woodchuck hepatitis virus(WHV)、丙酸杆菌病毒(PHL112N00,ATCC29399BT,Pirate和P105)、Diadromus pulchellus toursvirus(DpTV-1)等的相对丰度明显高于对照组。结论本研究筛选出了几种候选的KD致病性病毒,如WHV、Orthonairovirus和DpTV-1;推测这些病毒可能通过破坏免疫系统导致KD患儿出现急性发热或肝损伤,但还需要更多的研究证实。